在童话镇第二季中，随着第一季末的诅咒解除，魔法开始涌入现实世界，所有童话角色恢复了记忆，但也面临着新的威胁。邪恶女王雷吉娜依然试图夺回一切，而新登场的反派——来自魔法森林的科拉船长，带着黑魔法和扭曲的目的来到镇上。同时，亨利的身世之谜被揭开，他是白马王子和白雪公主的亲生儿子，而艾玛作为救世主，必须平衡魔法与人性。故事在现实与魔法世界间穿插，角色们面对爱情、背叛与牺牲，最终团结对抗共同的敌人。